方案明确，地震发生后的最初阶段以人员抢救和伤员救治为主，此后，灾区公共卫生和传染病防控工作即应全面展开。为了及时发现灾区和灾民中发生的传染病暴发和其他突发公共卫生事件苗头，迅速采取控制措施，应及时启动灾后应急疾病监测机制，在灾区前线救灾防病指挥部或指挥中心设立疾病监测组。

为了确保大灾之后无大疫，各地必须搞好饮水卫生、环境卫生。方案要求，清理集中式供水的水源地，划出一定范围水源保护区，制止在此区域排放粪便、污水与垃圾。并设专人看管。方案中说，将水煮沸是十分有效的灭菌方法，在有燃料的地方可采用；灾害期间最主要的饮水消毒方法是采用消毒剂灭菌；加入消毒剂后，放置30分钟，检验水中余氯应达到0.7mg/L。在灾民临时居住场所，按人口密度合理布局。应急临时厕所模式，可选择粪便与尿液分别收集的措施，尿液及时排放，粪便每日施加生石灰或漂白粉消毒。

各级卫生防疫部门应有具体分工，做好蚊、蝇、蚤、蜱、鼠等病媒生物监测与防制的组织工作。方案要求，要有专人负责，做好杀虫灭鼠药物的集中供应、配制和分发工作，做好病媒生物预防控制常识宣传，组织专业技术人员和群众实施。

方案指出，自然灾害遇难者的尸体一般不会引起传染病的流行，但应认真做好人与动物尸体的卫生处理。对逝者处理时必须给予充分尊重的原则；及时就地清理和尽快掩埋处理的原则；必须需要辨明身份而不能马上处理者，存放时间应尽量缩短。在城镇、村外选择好埋尸地点，在便于运输又在不影响城镇、村容的地点选择尸体掩埋地。应选择土壤结构结实、地下水位低的场所；掩埋场所还应选择地势较高的地点；埋葬地点必须远离水源地；尽量选择人口密集区的下风向。尸体清理后需要对其场所进行消毒处理，可选用漂白粉液喷洒。

为积极预防、及时控制和减缓灾难的心理社会影响，促进灾后心理健康重建，方案还对心理危机干预的目的、原则、方法、技术要点等作出指导。